Самый простой способ эмуляции флоппи-дисковода в Windows - назначить флешке букву диска A: или B:. Понятно, что обмануть таким образом можно только самую глупую программу, но с некоторыми системами банк-клиент это работает.
Смена буквы диска производится на странице "Управление дисками" консоли "Управление компьютером", которая находится в разделе "Администрирование" панели управления.